Gli sforzi per studiare le prime fasi della pandemia di coronavirus hanno ricevuto aiuto da una fonte sorprendente. Un biologo negli Stati Uniti d’America ha “scavato” sequenze parziali del genoma SARS-CoV-2 dall’inizio del probabile epicentro della pandemia a Wuhan, in Cina, che sono state depositate – ma successivamente rimosse – da un database del governo degli Stati Uniti:
Le sequenze parziali del genoma affrontano un enigma evolutivo sulla diversità genetica precoce del coronavirus SARS-CoV-2, sebbene gli scienziati sottolineino che non fanno luce sulle sue origini. Né è del tutto chiaro il motivo per cui i ricercatori dell’Università di Wuhan hanno chiesto la rimozione delle sequenze dal Sequence Read Archive (SRA), un archivio di dati di sequenziamento grezzi gestito dal National Center for Biotechnology Information (NCBI), parte degli istituti nazionali statunitensi. della Salute (NIH). “Queste sequenze sono informative, non trasformative”, afferma Jesse Bloom, un genetista evoluzionista virale presso il Fred Hutchinson Cancer Research Center di Seattle, Washington, che descrive in un preprint del 22 giugno come ha recuperato le sequenze 1 . Bloom ha scoperto le sequenze dopo aver cercato dati genomici dalle prime fasi della pandemia. Un documento di ricerca del maggio 2020 conteneva una tabella di dati di sequenza disponibili al pubblico, che includeva voci che Bloom non aveva trovato 2:
Le sequenze sono state associate a un documento in cui i ricercatori hanno utilizzato la tecnologia di sequenziamento dei nanopori per rilevare il materiale genetico SARS-CoV-2 in campioni di persone. Tale studio è stato pubblicato sulla rivista Small nel giugno 2020 3 , dopo essere stato pubblicato su bioRxiv nel marzo di quell’anno 4. Quando Bloom ha cercato le sequenze nell’SRA utilizzando i dettagli elencati nel documento di maggio 2020, il database non ha restituito alcuna voce. L’SRA conserva le sequenze nell’archivio cloud gestito da Google e Bloom si chiedeva se potesse trovare versioni archiviate delle sequenze sui server cloud. Questo approccio ha funzionato e Bloom è stato in grado di recuperare i dati da 50 campioni, 13 dei quali contenevano dati grezzi sufficienti per generare sequenze parziali del genoma.
Mistero evolutivo
Le sequenze aiutano a risolvere un mistero evolutivo sulle prime fasi della pandemia, afferma Bloom. Le prime sequenze virali di Wuhan provengono da individui collegati al mercato del pesce di Huanan della città nel dicembre 2019, che inizialmente si pensava fosse il luogo in cui il coronavirus è passato per la prima volta dagli animali alle persone. Ma le sequenze del mercato del pesce sono più lontanamente correlate ai parenti più stretti di SARS-CoV-2 nei pipistrelli – l’origine ultima più probabile del virus – rispetto alle sequenze successive, inclusa una raccolta negli Stati Uniti. Ciò è stato sorprendente, afferma Bloom, perché ci si aspetterebbe che i virus delle prime fasi dell’epidemia di Wuhan siano più strettamente correlati ai parenti di SARS-CoV-2 che infettano i pipistrelli. Le sequenze recuperate, che sono state probabilmente raccolte a gennaio e febbraio 2020, mostrano che è così:
Sono più strettamente correlate ai virus dei pipistrelli rispetto alle sequenze di persone legate al mercato del pesce. Ciò si aggiunge a un numero crescente di prove, comprese le segnalazioni di casi probabili risalenti a novembre 2019, secondo cui i primi casi umani di COVID-19 non erano associati al mercato del pesce di Huanan, affermano Bloom e altri scienziati. “A me sembrava che il mercato di Wuhan fosse uno dei primi eventi di super-diffusione“, afferma Sudhir Kumar, genetista evoluzionista della Temple University di Philadelphia, in Pennsylvania. Le sequenze che Bloom ha portato alla luce, aggiunge, suggeriscono che SARS-CoV-2 ha sviluppato un’ampia diversità nelle prime fasi della pandemia in Cina, anche a Wuhan. Stephen Goldstein, un virologo dell’Università dello Utah a Salt Lake City, sottolinea che le sequenze recuperate da Bloom non erano nascoste: sono descritte in dettaglio, con informazioni sulla sequenza sufficienti per conoscere la loro relazione evolutiva con altre prime sequenze di SARS-CoV-2, nel Piccolo giornale. “Non credo che questa prestampa ci dica molto di nuovo, ma porta in primo piano i dati di sequenza che sono stati pubblicamente disponibili, anche se sotto il radar“, afferma Goldstein. Bloom afferma che, sebbene le sequenze siano state pubblicate, la loro rimozione dall’SRA ha fatto sì che pochi scienziati ne fossero a conoscenza. Un rapporto commissionato dall’Organizzazione mondiale della sanità sulle origini della pandemia non includeva le sequenze in un’analisi evolutiva dei primi dati SARS-CoV-2. “Nessuno si è accorto che esistevano“, dice Bloom. Gli autori corrispondenti del documento Small non hanno risposto alle domande del team di notizie di Nature sul motivo per cui hanno chiesto la rimozione delle sequenze dall’SRA, cosa che è avvenuta prima della pubblicazione del documento. In una dichiarazione, il NIH ha affermato di aver rimosso i dati su richiesta dei ricercatori, che hanno affermato di aver pianificato di inviarli a un altro database. Bloom – che è coautore di una lettera che chiede una rinnovata indagine sulle origini della pandemia, inclusa la possibilità che il virus sia fuggito o sia trapelato da un laboratorio 5 – afferma che il suo studio non fa luce sulle origini della pandemia, né sul perché le sequenze sono state rimosse. Ma spera che i suoi sforzi incoraggino i ricercatori a “pensare fuori dagli schemi” e guardare ad altre fonti, come i dati di archivio, per raccogliere maggiori informazioni dai primi giorni della pandemia. “Probabilmente ci sono più dati da qualche parte là fuori“ – ha concluso il ricercatore. Fonte news: nature.com.
